Ursprünglich 1865 als Zeichen- und Gewerbeschule gegründet, entstand durch einen Erlass König Ludwigs II. eine vierklassige Königliche Realschule. 1922 genehmigte der Landtag die Erweiterung zur Oberrealschule. Die erste Abiturprüfung wurde im Jahre 1925 durchgeführt.

1963 wurde eine neusprachliche Ausbildungsrichtung angegliedert und 1990 der wirtschaftswissenschaftliche Zweig. Seit 2004 ist unser Gymnasium eine „Partnerschule des Wintersports“.

Im Jahre 1965 erhielt die Schule nach dem Rosenheimer Mathematiker und Geodäten Sebastian Finsterwalder den Namen „Finsterwalder-Gymnasium“, seit 2015 erweitert um den Vornamen des Namensgebers zu „Sebastian-Finsterwalder-Gymnasium“.

Der heute noch existierende Altbau (A-Trakt) stammt aus dem Jahr 1891, der B-Trakt wurde 1968 fertiggestellt. Die Mensa gibt es seit 2008, der neue Zwischentrakt, der mit einem Lift alle Ebenen aus A- und B-Trakt barrierefrei verbindet, konnte 2013 eingeweiht werden.